مقدمات تاسیس دانشگاه تربت حیدریه با راه اندازی آموزشکده فنی تربت حیدریه در سال 1384 کلید خورد و در سال 1386 و با تایید شورای گسترش آموزش عالی وزارت علوم، تحقیقات و فناوری به دانشکده فنی و مهندسی تربت حیدریه ارتقاء یافت.
با توجه به رشد چشمگیر آموزش عالی در کشور و پتانسیل های موجود در منطقه و از طرفی نیاز مبرم به استقلال تنها دانشگاه دولتی شهرستان، در سال 1389 با موافقت وزارت علوم، تحقیقات و فناوری و دانشگاه فردوسی مشهد، دانشکده فنی و مهندسی تربت حیدریه به لحاظ اداری و مالی از دانشگاه فردوسی مشهد مستقل گردید. با عنایت به گسترش رشته های تحصیلی و جذب اعضای هیات علمی جدید و توسعه فضاهای آموزشی و اداری و پیگیری های مسئولین دانشکده و نماینده مردم شهرستان در مجلس شورای اسلامی، شورای گسترش آموزش عالی وزارت علوم، تحقیقات و فناوری در تاریخ 04/10/1390 با ارتقاء این دانشکده به مجتمع آموزش عالی موافقت نمود. به علاوه در این سال مجموعه مجتمع آموزش عالی به مکان فعلی منتقل گردید. زمین اولیه احداث پردیس دانشگاه در موقعیت فعلی به مساحت 5 هکتار به علاوه سوله ورزشی به مساحت 3000 متر مربع توسط خیرین حامی دانشگاه تربت حیدریه در سال 1384 به مجموعه اهداء شد و با همت مسئولین وقت دانشگاه ساختمان آموزشی همراه با مجموعه آزماشگاهی و کارگاهی در پردیس دانشگاه ساخته شد.
در نهایت با موافقت قطعی شورای گسترش آموزش عالی وزارت علوم، تحقیقات و فناوری در تاریخ هفتم بهمن ماه 1391 این مجتمع به دانشگاه تربت حیدریه ارتقاء یافت.
دانشگاه تربت حیدریه در حال حاضر با بیش از 19 هزار مترمربع فضای آموزشی، پژوهشی، اداری، فرهنگی و ورزشی از امکاناتی نظیر مجموعه آموزشی، فرهنگی و رفاهی (شامل کتابخانه و مرکز اسناد با بیش از 15 هزار جلد کتاب، مرکز انفورماتیک با بیش از 130 دستگاه رایانه، نمازخانه و سالن غذاخوری)، دو مجموعه مجهز ورزشی، 3 سالن آمفی تئاتر، سالن جلسات، مجموعه کارگاه ها و آزمایشگاه های مجهز، گلخانه و مزرعه تحقیقاتی برخوردار میباشد.
هم اکنون این دانشگاه در 24 رشته -گرایش تحصیلی در مقاطع کارشناسی پیوسته، کارشناسی ناپیوسته، کاردانی و کارشناسی ارشد در قالب دو دانشکده فنی و مهندسی و کشاورزی و منابع طبیعی دانشجو می پذیرد.

دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی با 11 رشته در قالب گروه های آموزشی تولیدات گیاهی، اقتصاد کشاورزی، مرتع و آبخیزداری، گیاهان دارویی و بیوتکنولوژی با امکاناتی نظیر آزمایشگاه های تخصصی، کارگاه پرورش قارچ خوراکی، بیش از 110 هکتار زمین کشاورزی و 420 متر گلخانه تحقیقاتی در مقاطع کاردانی، کارشناسی ناپیوسته، کارشناسی پیوسته و کارشناسی ارشد دانشجو میپذیرد.

دانشکده فنی و مهندسی با 11 رشته در گروه های آموزشی عمران، کامپیوتر، صنایع، مکانیک و برق با تجهیزات پیشرفته آموزشی در قالب 24 آزمایشگاه و کارگاه تخصصی در مقاطع کاردانی، کارشناسی ناپیوسته و کارشناسی پیوسته دانشجو میپذیرد.

سایر رشته های تحصیلی در این دانشگاه شامل رشته های باستان شناسی و علوم سیاسی در مقطع کارشناسی میباشد.

با توجه به موقعیت استراتژیک شهرستان از لحاظ تولید زعفران، این دانشگاه با هدف ارتقاء دانش موجود در زمینه های تخصصی زعفران و پیشبرد اهداف کلان در توسعه صنعت زعفران کشور، همچنین حمایت و رفع مشکلات کشاورزان منطقه اقدام به راه اندازی پژوهشکده زعفران به عنوان تنها پژوهشکده تخصصی کشور نمود. این پژوهشکده از سال 1391 شروع به کار نمود و در حال حاضر با شش گروه پژوهشی و ساختمانی مستقل با سه بخش آموزشی، پژوهشی و فرهنگی به فعالیت خود ادامه میدهد.

از طرفی با هدف حمایت از ایده های بومی با محوریت مزیت های نسبی در منطقه، مرکز رشد شهرستان با حمایت دانشگاه تربت حیدریه در سال 1393 در محل پژوهشکده زعفران راه اندازی شد.

از فعالیت های پژوهشی این دانشگاه میتوان به چاپ مقالات علمی در نشریات معتبر داخلی و خارجی توسط اساتید و دانشجویان، چاپ کتاب، اجرای طرح های پژوهشی و برگزاری همایشهای علمی در سطح ملی و بین المللی اشاره نمود. چاپ مجلات معتبر علمی از جمله نشریه علمی و پژوهشی زراعت و فناوری زعفران و نشریه علمی ترویجی راهبردهای توسعه روستایی از دیگر فعالیت های پژوهشی این دانشگاه میباشد.

این دانشگاه در جهت توسعه فعالیتهای علمی بین المللی خود اقدام به عقد تفاهم نامه با برخی از دیگر دانشگاه های مطرح از جمله دانشگاههای لوند سوئد، پارما و توشای ایتالیا نموده است. حضور دانشجویان این دانشگاه در مسابقه رباتهای پرنده دانشگاه ROC هلند در سال 1396 به عنوان تنها تیم غیر اروپایی و کسب مقام چهارم این مسابقات از جمله فعالیت های علمی بین المللی این دانشگاه است.
همکاری با دانشگاه های مطرح دنیا از کشورهای هلند، سوئد، پرتقال، آلمان، یونان، لیتوانی و عراق در قالب طرح اراسموس پلاس اتحادیه اروپا به صورت فعال و جذب بودجه ای بالغ بر 200 هزار یورو از اتحادیه اروپا به منظور اجرای برنامه های اپاتل و ژئونت سی، و ارتباط مستمر دانشجویان و اساتید مجموعه با دانشگاههای اروپایی از دیگر فعالیتهای بین المللی این دانشگاه میباشد.